Карлукский каганат распался из-за внутренних конфликтов и междоусобиц между карлуками, а также из-за воздействия внешних факторов, таких как нападения военных соседних народов и изменения политической обстановки в регионе. Недостаток централизованных управляющих структур и наличие разделения каганата на несколько независимых частей также сыграли роль в развале карлукского каганата.