Незадолго до начала суда подсудимым выдвинули обвинения в преступлениях четырёх категорий: захват власти с помощью заговора, преступления против мира, военные преступления и преступлления против человечества. В процессе выяснилось, что обвинения первых двух категорий совсем слабо аргументированы. Защитники подсудимых довольно легко доказали, что по меньшей мере странно считать заговорщиками членов международно признанного правительства, с которым страны-судьи (США, Великобритания, СССР и Франция) заключили разные договора. В особо неприятную ситуацию попал Советский Союз, который на начальном периоде Второй Мировой войны был союзником нацисткой Германии.

Доказательства обвинений в военных преступлениях и преступлениях против человечества были убедительны. Многие документы свидетельствовали о жестокой оккупационной политике нацистов, холокосте, массовом уничтожении людей в лагерях смерти и массовых казнях

С самого начала процесса звучала очень жёсткая критика. Многие юристы не считали приемлемым, что обвинения в Нюрнберге по своей сути были ex post facto (с обратной силой). Они считали, что не может быть приговор без закона, - человека нельзя судить, если во время совершения преступления отсутствовал закон, квалифицирующий его деяния как преступления. Нюрнбергский процесс однозначно был политическим процессом, инструментом действия стран-победительниц. Главный его недостаток – то, что он ограничивался рассмотрением только нацистских преступлений. В процессе не допускалось объективное рассмотрение военных преступлений и преступлений против человечества в общем.Вскоре после того, как трибунал начал свою работу, представители СССР, Великобритании, США и Франции заключили секретный договор. Он отмечал, что в процессе не затронут неприятные для союзников вопросы. Трибунал, например, не принял на рассмотрение подписанный между СССР и Германией 23 августа 1939 года секретный протокол о разделе сфер влияния в Восточной Европе, который обозначил начало Второй Мировой войны и уничтожил независимость Балтийских стран.

Обвинителей в Нюрнберге можно винить в сознательном изуродовании истории, искажении и сокрытии правды. Например, на процессе не рассмотрели бомбардировку городов, совершённую ВВС Германии, потому что «бомбовая война» стала бы не только объектом обвинения, но и обоюдоострым мечом: в таком случае не удалось бы предотвратить неприятные дебаты про намного более разрушительные налёты британской и американской авиации на немецкие города.