Подія, яка остаточно закріпила роздробленість Німеччини, була Велика реформація в XVI столітті. Релігійні конфлікти, що виникли в результаті розколу між католиками і протестантами, підірвали єдність країни. Це спричинило багато війн, в результаті яких Німеччина була розділена на численні мали монархії і князівства.