Внутренняя политика Карла IX была направлена на централизацию власти и укрепление королевской власти. Он провел ряд реформ, направленных на укрепление позиции монарха и ослабление влияния аристократии. Также он стремился к уменьшению влияния Католической церкви в стране.

Внешняя политика Карла IX была направлена на укрепление позиции Швеции как державы. Он вел активную внешнюю политику, участвуя в международных конфликтах и конфликтах на севере Европы. Он также вел успешные войны против Дании и России, увеличивая территорию и влияние Швеции.