Филипп II был крепким сторонником контрреформации, или противореформации, и усилил усилия по подавлению протестантства в Испании и в ее колониях. Он проводил жестокие меры против протестантов, включая их преследование, сжигание на костре и изгнание из страны. Филипп II также активно поддерживал инквизицию, официальный орган Церкви, занимающийся борьбой с еретиками. Из-за его жестких мер против протестантов и еретиков Филипп II приобрел прозвище "Кровавый".