В средневековой Японии доминировала буддийская религия, пришедшая на острова из Китая и Кореи. Буддизм был значительно влиятельным и важным аспектом японской культуры и общества в это время.

Однако помимо буддизма, также существовала японская шинтоистская религия, основанная на местных верованиях и поклонении духам предков и природным силам.

Также в средневековой Японии распространен был христианство, которое было привезено на острова миссионерами из Европы. Однако, после некоторого периода терпимости, японское правительство начало преследовать христиан в конце 16 века, что привело к уничтожению христианских общин и запрету на исповедование этой религии.