Васюткино озеро, как и большинство озер, появилось в результате образования ледниковых языков или после обрушения ледников. Такие озера образуются в глубоких депрессиях, оставленных льдом, который плавит и разрыхляет грунт, что способствует образованию водоема. Возможно, васюткино озеро появилось в результате такого процесса, оставленного после отступления ледника или в результате обрушения ледниковых образований.