Да, если в уравнении указывается X, то подразумевается, что это координатная ось X на плоскости. Если вы поменяете переменные и замените x на y и y на x в уравнении y = x^2, то получите уравнение x = y^2, которое уже будет описывать другую кривую на плоскости - параболу, но уже относительно оси y. При этом, как вы правильно заметили, при отрицательных значениях X не получится вычислить Y, так как корень из отрицательного числа не существует в рамках действительных чисел.