Сепаратизм опасен тем, что может привести к разрушению национального или территориального единства государства, вызвать вооруженные конфликты, обострить межнациональные и межрегиональные противоречия, а также пагубно сказаться на экономике, политической стабильности и социальной сфере. В результате сепаратистских действий могут возникнуть переселения, нарушения прав человека, усиление популистских и экстремистских движений, что в итоге приводит к возможному коллапсу государства.