Для изменения файла в процессе выполнения makefile можно использовать команду sed, которая позволяет редактировать файлы из командной строки. Например, если у вас есть цель target, которая должна изменить файл config.txt, вы можете добавить следующую строку в ваш makefile:

target:
sed -i 's/old_value/new_value/' config.txt

Эта команда заменит old_value на new_value в файле config.txt при выполнении цели target.

Чтобы подсчитать количество запусков makefile, вы можете использовать переменные и инкрементировать их при каждом запуске. Например:

.PHONY: target
counter := 0
target:
@echo "Running makefile ($$((counter+=1)) times)"

Этот пример увеличит значение переменной counter при каждом запуске цели target и выведет сообщение с текущим количеством запусков.