Такое разделение позволяет повторно использовать header.php и foooter.php. Как правило на сайтах шапка (header) и подвал(footer) одинаковы на всех или на большинстве страниц, а меняется лишь контентная часть. Таким образом на этих страницах достаточно в начале файла подключить header.php, а в конце файла footer.php, а не копировать весь код от страницы к странице. К тому же при каких-либо изменениях в шапке или подвале достаточно будет внести их в header.php или foooter.php и данные изменения отобразятся на всех страницах.