В Debian и Red Hat семействах дистрибутивов Linux деревья репозиториев по-разному управляются, поэтому ответ будет отличаться для каждого из них.

Deb (Debian, Ubuntu и т. д.):
В Debian и Debian-подобных дистрибутивах, таких как Ubuntu, пакеты из репозиториев имеют приоритеты. Приоритет пакета зависит от нескольких факторов, включая версию пакета, приоритет репозитория и другие факторы. Если у вас есть два репозитория, "А" и "Б", и оба содержат пакет "vim", то пакет с более высоким приоритетом будет выбран для установки. Приоритет репозитория можно настроить в файле /etc/apt/preferences.

Red Hat (Fedora, CentOS и т. д.):
В Red Hat и Red Hat-подобных дистрибутивах, таких как Fedora и CentOS, пакеты из разных репозиториев не перекрывают друг друга. Если у вас есть два репозитория, "А" и "Б", и оба содержат пакет "vim", то вам может потребоваться явно указать, из какого репозитория установить пакет. Это можно сделать с помощью ключа --enablerepo или --disablerepo при использовании yum или dnf для установки пакетов.

В обоих случаях важно понимать приоритеты репозиториев и правильно обрабатывать конфликты при установке пакетов из разных репозиториев.