Для решения вашей проблемы, вам следует использовать наследование и соединение классов посредством ассоциации или композиции.

1) User и Organisation могут быть унаследованы от базового класса, например, Person, который будет содержать методы создания, обновления и удаления.
2) Invoice может содержать ссылки на объекты User и Organisation, а не прямые id_user и id_org, чтобы избежать проблемы при переименовании столбцов.
3) Таким образом, каждый класс будет независимым и изменения в одном из них не повлияют на другие.

Примерно так выглядеть структура классов:

class Person:
def create(self):
pass
def update(self):
pass
def delete(self):
pass
class User(Person):
# дополнительные методы для работы с пользователями
class Organisation(Person):
# дополнительные методы для работы с организациями
class Invoice:
def __init__(self, user, organisation):
self.user = user
self.organisation = organisation
def create(self):
pass
def update(self):
pass
def delete(self):
pass

Таким образом, у вас будет структура классов, которая позволит вам без проблем вносить изменения в базовые таблицы пользователей и организаций, не влияя на функционал класса Invoice.