В Doctrine вы можете объявить связи между сущностями при помощи аннотаций или XML-конфигурации. В вашем случае, если у вас есть таблицы table_user, table_email и table_code, и у таблиц table_email и table_code есть поле user_id, то вы можете объявить связи между этими таблицами следующим образом:

use Doctrine\ORM\Mapping as ORM;
/**
* @ORM\Entity
* @ORM\Table(name="table_user")
*/
class User
{
/**
* @ORM\Id
* @ORM\Column(type="integer")
* @ORM\GeneratedValue(strategy="AUTO")
*/
private $user_id;
// Другие поля сущности User
/**
* @ORM\OneToOne(targetEntity="Email")
* @ORM\JoinColumn(name="user_id", referencedColumnName="user_id")
*/
private $email;
/**
* @ORM\OneToOne(targetEntity="Code")
* @ORM\JoinColumn(name="user_id", referencedColumnName="user_id")
*/
private $code;
// Геттеры и сеттеры для email и code
}
/**
* @ORM\Entity
* @ORM\Table(name="table_email")
*/
class Email
{
/**
* @ORM\Id
* @ORM\Column(type="integer")
* @ORM\GeneratedValue(strategy="AUTO")
*/
private $email_id;
// Другие поля сущности Email
// Нет необходимости в объявлении связи сущности Email к User, поскольку связь уже объявлена в сущности User
}
/**
* @ORM\Entity
* @ORM\Table(name="table_code")
*/
class Code
{
/**
* @ORM\Id
* @ORM\Column(type="integer")
* @ORM\GeneratedValue(strategy="AUTO")
*/
private $code_id;
// Другие поля сущности Code
// Нет необходимости в объявлении связи сущности Code к User, поскольку связь уже объявлена в сущности User
}

В этом примере, сущность User имеет связи OneToOne с сущностями Email и Code по полю user_id. Нет необходимости добавлять поля email_id и code_id в таблицу table_user. Doctrine автоматически обеспечит объединение данных из связанных таблиц при запросах.