Продумывать архитектуру Java приложения следует начиная с понимания требований и целей проекта. Для этого часто используются различные методологии и паттерны проектирования, такие как SOLID, DRY, KISS, GRASP, MVP, MVVM, и др.

Помимо этого, для улучшения навыков проектирования архитектуры приложения, можно практиковать разработку на практических задачах, участвовать в открытых проектах, читать специализированную литературу, а также принимать участие в курсах и вебинарах, посвященных данной теме.

Одним из книг, которую можно порекомендовать по данной теме, является "Чистый код. Создание, анализ и рефакторинг" Роберта Мартина (Uncle Bob). В этой книге автор описывает принципы написания качественного кода и принципы хорошего проектирования.

Также рекомендуется изучить следующие книги:

"Приемы объектно-ориентированного проектирования. Паттерны проектирования" Эрик Гамма, Ричард Хелм, Ральф Джонсон, Джон Влиссидес"Чистый код. Рефакторинг, проектирование и архитектура" Роберт Мартин

Изучение и применение паттернов проектирования и принципов SOLID поможет вам лучше понимать, какие классы и компоненты нужны в вашем приложении, а какие могут быть излишними. Важно также помнить о принципах модульности, гибкости и расширяемости архитектуры приложения.