Да, значение фразы "пахнуть село" может измениться в зависимости от ударения. Если ударение на слове "пахнуть", то это будет означать, что что-то или кто-то имеет запах сельской местности. Если же ударение на слове "село", то это будет означать, что что-то или кто-то начинает пахнуть (иметь запах) села, то есть появляется неприятный, сельский запах.