Оба варианта являются правильными, но они используются в разных контекстах.

"Мое предпочтение в (чем-то)" - этот вариант используется, когда вы хотите указать на конкретный предмет или деятельность, на которую вы делаете упор, например: "Мое предпочтение в музыке - классическая музыка".

"Мое предпочтение (чему-то)" - этот вариант используется, когда вы хотите указать на общее предпочтение в целом, без уточнения конкретного объекта, например: "Мое предпочтение - заниматься спортом".

Таким образом, выбор между двумя вариантами зависит от того, хотите ли вы подчеркнуть конкретное предпочтение или говорить об общем предпочтении в целом.