На самом деле, в русском языке слово "шкатула" было признано устаревшим и употреблялось реже, чем слово "шкатулка". "Шкатулка" является уменьшительно-ласкательным словообразованием от "шкатулы", что делает его более распространенным и понятным для современных носителей языка.