Запятая в сложном предложении ставится между:

Подлежащим и сказуемым (Я видел, как он пришел).Между однородными членами предложения (Я купил книгу, ручку и тетрадь).Перед союзами "и", "а", "но", "зато" в сложносочиненном предложении (Я пошел в магазин, и купил хлеб).Перед вводными словами и оборотами (Судя по всему, он опоздал).Перед присоединительными, служебными и вводными словами (В общем, ситуация несколько затянулась).Перед второстепенными членами предложения (Сегодня, с раннего утра, мне пришлось делать много дел).Перед обособленными членами предложения (Он, конечно, хороший друг).Перед сказуемым, когда оно выносится в начало предложения (Влюбилась она в него, несмотря на все его недостатки).

Помимо этих основных случаев, запятая может ставиться и в других ситуациях в зависимости от замысла автора и специфики конкретного предложения.