В парах слов мечи-мячи и частота-чистота одинаковые слова не собраны, а в паре слово плод-плот действительно означает различные понятия.

Мечи (проверочное слово: мачи) - узкие и длинные клинковые оружия для сражения.

Мячи (проверочное слово: мачи) - круглое тело, используемое в различных видах спорта для игры или состязания.

Плод (проверочное слово: плод) - съедобное, чаще всего сладкое, растительное образование, возникающее на растениях в результате оплодотворения.

Плот (проверочное слово: плот) - парное деревянное сооружение, плавающее на воде или используемое для переправы через реку.

Частота (проверочное слово: частота) - количество повторений явления (события, процесса) в единицу времени.

Чистота (проверочное слово: чистота) - состояние отсутствия грязи, пыли, загрязнений; безупречная чистota.