Для определения падежа имени существительного в словосочетании необходимо учитывать предлог, который стоит перед ним. В данном случае у нас словосочетание "лежит в столе".
Существительное "стол" стоит после предлога "в", который управляет падежом винительного. Таким образом, в данном словосочетании существительное "стол" находится в винительном падеже.