Суффикс -арь в словах вратарь, звонарь, пахарь образуется от старославянского суффикса -арь, который обозначает профессиональный занятия или род деятельности. В слове секретарь суффикс -арь происходит от латинского слова "secretarius" и уже имеет фиксированное написание без буквы "ь".