Слова "полагать" и "предполагать" действительно имеют общий корень "полаг-", который обозначает действие, связанное с установлением, считанием или предположением чего-то. При добавлении приставки "пред-" к слову "полагать" мы получаем новое слово с более узким значением, указывающим на предварительное или заранее установленное предположение. Поэтому в слове "предполагать" приставка "пред-" выступает как суффикс словообразовательного процесса, а не часть корня слова.