Это произошло из-за того, что в данном случае речь идет о разных аспектах одного действия - удара ногой. "Как ударить?" - это спрашивает о способе или технике удара, а "Чем ударить?" - о средстве, которым будет произведен удар. В данном контексте ответ "Ногой" действителен и для того, чтобы узнать как ударить и чем ударить.