под- $приставка$ + гн$а$ $корень$ + ив $суффикс$ + ший $суффикс$ Словообразование: приставка под- указывает на направление действия, корень гн$а$ - связан с гниением, суффикс -ив- образует отглагольное прилагательное, суффикс -ш- образует причастие настоящего времени от глаголов на -ив-.
Подгнивший - причастие настоящего времени от глагола подгнить, то есть "гниющий под действием влаги, влаги, постепенно портящийся, разлагающийся".