В морфологическом разборе такого вопроса будет правильно использовать вопросительное местоимение "кто" после глагола "было", так как оно указывает на подлежащее предложения. Таким образом, корректный морфологический разбор будет следующим:

Было $что?$ пятьсот калмыков.

Поэтому в данном предложении можно использовать вопрос "кто?" для определения подлежащего.