Слово "рыть" действительно является исключением, поскольку в нем в безударных формах сохраняется буква "ы" вместо "и". Таким образом, в 1 и 2 спряжении правильное написание будет следующим:

Рою, роешь, роет (1 спряжение)Роешь, роешь, роет (2 спряжение)

Слово "рыть" следует запомнить как исключение от общего правила изменения "и" на "ы" в безударных формах.