Да, разница между "частично согласен" и "частично не согласен" состоит в том, что в первом случае вы соглашаетесь с частью утверждения или мнения, а во втором случае вы не согласны с частью утверждения или мнения. В обоих случаях вы указываете на то, что ваше мнение не является полностью однозначным.