Это произошло из-за множества теорий и предположений, но наиболее распространенным объяснением является то, что в славянских языках слово "нет" восходит к древнерусскому слову "не а" или "не так". Постепенно эта фраза стала употребляться в значении "нет", и буквы "а" и "а" начали использоваться для передачи этого значения.