Слово "дышать" действительно является исключением в спряжении глаголов на -ать. Это связано с тем, что данное слово имеет особенность в своей корне, что вызывает изменения в его спряжении. В частности, в глаголе "дышать" корень "дыш-" оказывает влияние на спряжение, так что в форме "он/она дышит" происходит смена "ш" на "с". Таким образом, это исключение обусловлено лексическими особенностями данного глагола.