Внутри молекулярные водородные связи образуются при интермолекулярном взаимодействии водородных атомов с электроотрицательными атомами в том же молекулярном соединении. Во-первых, это происходит из-за особенностей электронного строения молекулы, которое создает возможность для образования водородных связей. Во-вторых, такие молекулы имеют определенную пространственную конфигурацию, которая облегчает образование внутримолекулярных водородных связей. В-третьих, внутримолекулярные водородные связи обычно более стабильны, чем межмолекулярные, что также стимулирует их образование.