Слово "мигать" обычно используется для описания быстрого и повторяющегося появления и исчезновения света, например, мигание огней или индикаторов. "Моргать" чаще применяется к глазам, когда они закрываются и открываются, или к объектам, которые как бы "моргают" в смысле усталого или сонного взгляда.

Таким образом, если речь идет о свете, обычно будет уместно сказать "мигает", а если о глазах — "моргает".