Различать, когда "не" является приставкой, а когда — частью корня, можно по нескольким критериям. Вот основные из них:

Проверка синонимов: Если можно подобрать синоним слова без "не", и он будет иметь схожее значение, то "не" является приставкой. Например, в слове "некоторый" синоним — "некоторый" (можно связать с "некто"). Здесь "не" часть корня. Но в слове "непростой" синонимом будет "простой", и в этом случае "не" — приставка.

Изменение формы: Если слово без "не" имеет другое значение и не может быть образовано от исходного слова, то "не" является приставкой. Например, "недостаток" (замена слову "достаток") — здесь "не" приставка. Вариант "неполный" (от "полный") демонстрирует, что "не" тоже приставка.

Словообразование: Если при добавлении "не" образуется новое слово со своим значением, то это приставка. Например, "недоступный", "непрерывный" — "не" в этих словах — приставка.

Тактическая проверка: Проверяйте наличие родственных (однокоренных) слов. Если можно образовать другие формы (например, прилагательное или наречие) с помощью суффиксов, но не получаете из "не" слова со смыслом, вероятнее всего "не" — приставка.

С помощью этих правил можно довольно точно определить, является ли "не" приставкой или частью корня.