В предложении «Задумавшись, Саша не увидела, как Аня зашла в кабинет» нужна запятая после слова «задумавшись». Это связано с тем, что «задумавшись» является причастным оборотом и требует обособления. Причастные обороты обособляются, когда стоят в начале предложения.

Также запятая ставится перед союзом «как», поскольку в данном случае вводится придаточная часть, поясняющая, что именно не увидела Саша.

Итак, правильное оформление: «Задумавшись, Саша не увидела, как Аня зашла в кабинет».