В слове «примирение» корень «мир» действительно является основным, но разберёмся, почему у него нет гласной «а». Слово «примирение» образовано от глагола «примирить», который в свою очередь является производным от основы «мир».

В русском языке в таких случаях, как правило, гласные в корне могут изменяться в зависимости от формы слова или от процесса словообразования. То есть в процессе образования слова к корню могут быть добавлены префиксы, суффиксы и окончания, что приводит к изменению формы, но сам корень остается неизменным. В данном случае «мир» — это общий корень, а «а» добавляется в некоторые формы или слова, образованные от других корней или с другими приставками.

Таким образом, в слове «примирение» корень действительно «мир», и его форма без гласной «а» не является исключением, а соответствует правилам словообразования.