Слово "водяной" пишется с буквой "я" в суффиксе, потому что оно образовано от существительного "вода" с помощью суффикса "-яной". В русском языке существует правило, согласно которому при образовании прилагательных от существительных с помощью суффиксов "-яный" и "-яной" следует учитывать, какие буквы стоят в корне слова. В данном случае "вода" имеет "я" в корне, что и обуславливает написание прилагательного с "я".

Существует множество примеров подобного написания, поэтому важно помнить правила словообразования и соответствие корней и суффиксов.