Кратко правило: буквы «е, ё, ю, я» в начале слова или после гласной/ъ/ь обозначают два звука: сначала полугласный [j], затем гласный. В формулах:
(\text{е, ё, ю, я (в начале слова или после гласной/ъ/ь)} \Rightarrow [j]+[\text{гласный}]).

Примеры (слово — (\text{букв}=...), (\text{звуков}=...), произношение):

«юг» — ( \text{букв}=2,\ \text{звуков}=3,\ \text{произношение}=[juk])«юла» — ( \text{букв}=3,\ \text{звуков}=4,\ \text{произношение}=[ˈjula])«ёж» — ( \text{букв}=2,\ \text{звуков}=3,\ \text{произношение}=[joʂ])«ёлка» — ( \text{букв}=4,\ \text{звуков}=5,\ \text{произношение}=[ˈjolka])«яма» — ( \text{букв}=3,\ \text{звуков}=4,\ \text{произношение}=[ˈjama])«яблоко» — ( \text{букв}=6,\ \text{звуков}=7,\ \text{произношение}=[ˈjabləkə])«ест» — ( \text{букв}=3,\ \text{звуков}=4,\ \text{произношение}=[jest])«енот» — ( \text{букв}=4,\ \text{звуков}=5,\ \text{произношение}=[ˈjenot])«юноша» — ( \text{букв}=5,\ \text{звуков}=6,\ \text{произношение}=[ˈjunəʂə])

Заметка: после согласного эти буквы обычно не дают дополнительного [j], а указуют на мягкость согласного — тогда число звуков не увеличивается.