Коротко — потому что письмо и речь устроены по-разному: буквы — графемы, а звуки — фонемы и их фонетические варианты. Главные причины:
- Буквы экономят: одним знаком могут обозначаться несколько фонем или их вариантов в зависимости от контекста (например, мягкость/твердость часто передаётся не отдельной буквой, а следующей гласной или мягким знаком: «т» в «там» ≠ «т» в «тьма» по звучанию, но одна буква).
- Аллофонии и контекстные изменения: один и тот же звук-образец (буква) даёт разные фонетические реализа­ции (озвончение/оглушение, ассимиляция), поэтому количества букв меньше, чем всех конкретных звуков (фонов), которые мы произносим.
- Исторические и орфографические причины: сначала буквы могли соответствовать другим звукам; язык изменился, а письменность частично осталась, потому несколько звуков не получили по отдельной букве.
- Сложные звуки и сочетания передаются комбинациями букв (диграфы) или отдельными буквами, которые обозначают сложную артикуляцию (например, «щ», «ч»), — не всегда по одному звуку на одну букву.
Итого: алфавит стремится к компактности и удобству, а не к полной передаче всех фонетических деталей, поэтому букв меньше, чем всех возможных согласных звуков.