"Как будто" - это союз, который вводит сравнительное сравнение или условие. Его можно выделить курсивом или кавычками для подчеркивания.

"Над деревней" - в данном контексте "над" используется как предлог, указывающий на направление движения или положение объекта относительно другого. В данном случае, "над деревней" означает, что что-то находится выше уровня деревни. Почему вы считаете, что "над" должно указывать на место, а не на направление?