В конечном счете, источник этой гигантской силы – атомная, а вернее, ядерная энергия.

В данном случае вводное слово "в конечном счете" выделяется запятыми, так как оно выделяет обстоятельство, дополнительную информацию, а не является обязательным для понимания смысла предложения. Также ставится тире после слова "силы", чтобы указать на пояснение и раскрытие источника этой силы – атомной, точнее, ядерной энергии.