Возможно, это не учитывается в учебниках из-за того, что это отличие является относительно незначительным и несущественным для правильного произношения и понимания русского языка. В учебниках обычно уделяется больше внимания более важным правилам и особенностям произношения, а отличие между [ш] и [щ] по твердости-мягкости может быть рассмотрено на более продвинутом уровне изучения языка.