Оба варианта являются правильными, но продолжение фразы может определить использование одного из них. Например, если это вопрос о предмете или действии, то используется "Что ты хочешь?", а если вопрос касается чего-то конкретного, то лучше использовать "Чего ты хочешь?". Однако, в русском языке оба варианта допустимы и понятны.