Правильное написание слов "магнит" и "магнетизм" объясняется историческим развитием русского языка. В древнерусском языке существовало много слов, которые имели окончание "-ит", однако в процессе языкового развития это окончание стало заменяться на "-ет". Таким образом, слово "магнит" осталось с устаревшим окончанием, тогда как слово "магнетизм" оказалось с современным окончанием.

Чередование гласных "и" и "е" в словах "магнит" и "магнетизм" является результатом фонетических процессов, связанных с историческим развитием языка.