"Ну и дела!" - иногда обозначает недовольство или раздражение, то есть имеет отрицательное значение.
"Ну и зря!" - также встречается в отрицательном контексте.
"Ну и где он?" - может выражать недоумение или разочарование, что также отрицательно окрашено.

Действительно, в русском языке есть много двусмысленных выражений, которые иногда могут обозначать отрицание или негативное отношение к ситуации.