Слово "рапорт" происходит от французского "rapport", что означает отчет, доклад, связь. В русском языке это слово начали употреблять еще в XVIII веке до появления слова "репорт" (report) в английском языке.

Таким образом, вероятно, ударение в слове "рапорт" на первом слоге сформировалось под влиянием его французского произношения. В то же время, слово "репорт" является заимствованным из английского языка, где ударение падает на второй слог.

Такие лингвистические особенности развития языка и заимствования слов могут привести к разным ударениям в одинаковых или похожих словах, имеющих разные корни.