Это может быть связано с тем, что отрицание было важным для выживания наших предков, поэтому слово "нет" чаще используется и имеет схожие звуки в различных языках. С другой стороны, положительные ответы могли быть менее критическими и не требовали такой же явной идентификации, поэтому слово "да" различается в разных языках. Это, конечно, всего лишь предположение, и другие факторы также могут играть роль в таком различии между этими словами.