Слово "кофе" происходит от арабского "qahwa", что означает "напиток". В арабском языке существует только мужской род, поэтому и слово "кофе" было заимствовано в другие языки в мужском роде. Также, в русском языке многие напитки и продукты, пришедшие из других культур, обычно имеют неизменяемый мужской род, что может быть связано с тем, что русский язык имеет склонения и изменение рода звучало бы нелепо.