Окончание -к- в словах "клетке", "окошке" и "кошки" указывает на принадлежность к роду среднему (родительный падеж единственного числа). В русском языке существует различение окончаний для имен существительных в зависимости от их рода, числа и падежа. В данном случае, существительное "клетка" имеет окончание -к-, потому что оно является среднего рода и находится в родительном падеже, существительное "окошко" также среднего рода, а существительное "кошка" является женского рода.