В одном месте большая черная скала торчала кверху, и, пробегая по ней, тучи казались задавали за её вершину.

Синтаксический разбор:
В одном месте (наречное обстоятельство)
большая черная скала (подлежащее)
торчала (сказуемое)
кверху (дополнение)
и (соединительный союз)
пробегая (деепричастие, обстоятельство)
по ней (дополнение)
тучи (подлежащее)
казались (глагол-связка)
задавали (глагол-сказуемое)
за её вершину (дополнение)