В слове "змея" и "змеи" можно выделить следующие корни:

"Зме" - корень в слове "змея", который обозначает земноводное животное без конечностей."Зме" - корень в слове "змеи", который также обозначает земноводное животное без конечностей, но используется в множественном числе.